Un travail de co-recherche a permis de découvrir près de 2 000 nouvelles espèces bactériennes peuplant notre intestin. Une liste qui vient compléter l'inventaire de nos bactéries intestinales, pour peut-être parvenir à fournir à terme une liste complète de notre diversité bactérienne.
2 000 nouvelles espèces bactériennes pas encore étudiées en laboratoire
Des chercheurs de l'Institut européen de bio-informatique (EMBL-EBI) et du Wellcome Sanger Institute ont analysé le microbiome (l'environnement ou l'aire biotique du microbiote) de 11 850 personnes issues de divers continents. Mais, contrairement aux analyses usuelles comme celle du microbiote fécal, les chercheurs ont utilisé une méthode de calculs d'après les données connues des bactéries intestinales, méthode pluridisciplinaire nommée bio-informatique. Ils ont découvert près de 2 000 nouvelles espèces grâce à cette approche, les espèces en question n'étant à ce jour pas cultivables en laboratoire. Un grand pas en avant car un grand nombre d'espèces bactériennes étaient encore inconnues des chercheurs, à cause d'une trop faible présence dans le microbiome ou d'une impossible culture en laboratoire. Ces méthodes de calcul ont en outre permis de reconstruire plus de 92 000 génomes bactériens (ensemble des chromosomes et des gènes d'une espèce). Trevor Lawley, du Wellcome Sanger Institute, espère que cette découverte et leur cartographie des bactéries intestinales leur permettra de mieux comprendre les interactions entre microbiote intestinal et maladies gastro-intestinales dont les MICI.Un inventaire incomplet dans certaines régions du monde
Alexandre Almeida, co-dirigeants de cette étude, souligne que leurs méthodes de calculs sont hautement reproductibles et applicables à de plus grands ensembles de données, pour peut-être parvenir à dresser sous peu une cartographie complète des espèces bactériennes rencontrées en Amérique du Nord et en Europe. Mais si les chercheurs ont pu confirmer un nombre conséquent d'espèces bactériennes communes aux populations européenne et nord-américaine, la cartographie des bactéries du microbiote intestinal des populations africaine ou sud-américaine fait encore défaut. En effet, les quelques bases de données auxquelles les chercheurs ont eu accès ne permettent pas de refléter la diversité bactérienne de populations encore trop peu étudiées. Mais, grâce à la bio-informatique, ils ont déjà pu améliorer la classification des échantillons d'Afrique et d'Amérique du sud de plus de 200 %. Un travail de collecte supplémentaire est donc encore nécessaire à la connaissance et la composition du microbiote intestinal.https://le-quotidien-du-patient.fr/article/demain/recherche/etudes-et-experimentations/2018/12/11/bacteries-dans-le-cerveau/
Sources
- Alexandre Almeida et al., "A new genomic blueprint of the human gut microbiota", Nature, février 2019, - Institut européen de bio-informatique.Le microbiote intestinal est partout : journaux, actualités, expositions, livres… Et pour cause ! De jour en jour, on lui découvre de nouvelles fonctions, de nouveaux liens avec notre santé, de nouvelles spécificités…
Trois chercheurs de l’université de Tel Aviv font le point. Que la recherche sur le microbiome va t-elle apporter à la médecine ?
1. Notre microbiome et l’alimentation
En découvrant que le microbiome est sensible à notre alimentation, les chercheurs ont intégré un nouvel élément dans l’équation reliant la santé à la nutrition : ce que nous mangeons peut moduler la composition et les fonctions de notre microbiote. Et ainsi, par exemple, expliquer certains cas de prise de poids et autres mécanismes de régulation de la glycémie.Les perspectives : Le microbiote devient la cible des prises en charge nutritionnelles. Le régime prescrit est défini de manière à moduler le microbiote, qui influera à son tour sur notre physiologie et donc notre santé.
https://le-quotidien-du-patient.fr/article/a-table/bien-manger/aliments/2018/12/10/gras-et-microbiote/
2. Notre microbiote intestinal et les probiotiques
Les probiotiques sont utilisés de longue date pour renforcer notre microbiote intestinal en micro-organismes bénéfiques et ainsi contrer les éléments pathogènes. Mais leurs effets sont dépendants des bactéries déjà présentes dans notre intestin. Il apparaît alors important de prendre en compte le statut de l’individu afin d'adapter le traitement probiotique.Les perspectives : Notre microbiote est analysé et caractérisé pour administrer les probiotiques d’intérêt au bon(s) dosage(s) et ainsi potentialiser leurs effets.
https://le-quotidien-du-patient.fr/article/demain/recherche/etudes-et-experimentations/2018/10/30/les-probiotiques-pas-efficaces-chez-tout-le-monde/
3. Les composés synthétisés par notre microbiome
Les bactéries de notre microbiote synthétisent naturellement des composés, lors de la fermentation ou pour communiquer entre elles. Ces composés interagissent également avec les cellules de notre propre organisme et leur transmettent des messages qui vont influer sur notre fonctionnement. Ces composés sont parfois appelés « postbiotiques ».Les perspectives : L’administration de ces postbiotiques plutôt que des bactéries qui les synthétisent permet d’activer ou au contraire de bloquer spécifiquement certains mécanismes cellulaires.
4. Les greffes de microbiote
La greffe fécale est un traitement efficace contre les infections récurrentes à Clostridium difficile. Pourtant son usage reste limité à cette pathologie et n’est pas autorisée en-dehors des activités de recherche. En effet, avant son déploiement, de nombreux points restent à éclaircir : quels facteurs expliquent que la méthode fonctionne avec certains donneurs et pas d’autres ? Quel est le risque de transmission d’autres éléments (pathologies, facteurs de risque…) entre donneur et receveur ?Les perspectives : Les modalités de la greffe fécale, ses risques et leurs conséquences sont connus et la technique mieux appréhendée, ce qui permet d’envisager son utilisation pour le traitement d’autres pathologies.
https://le-quotidien-du-patient.fr/special/2019/02/15/super-caca-man-aux-super-excrements/
5. L’attaque ciblée du microbiote
La découverte des antibiotiques a permis de traiter les infections bactériennes en détruisant les bactéries responsables de la maladie. Mais leur usage non contrôlé peut s’avérer néfaste pour notre microbiome, pour notre organisme et favoriser le développement de l’antibiorésistance.Les perspectives : L’usage des antibiotiques est revu en profondeur et des techniques alternatives envisagées, tels les bactériophages, ces virus qui ciblent spécifiquement certaines bactéries pour les détruire.
https://le-quotidien-du-patient.fr/article/demain/recherche/etudes-et-experimentations/2018/09/18/les-phages-attaquent/
6. The last by not least
Si les découvertes sur le microbiote intestinal progressent, nous ne connaissons encore qu’une part infime de sa composition, de ses rôles et ses interactions avec notre organisme. Les chercheurs continuent d'investiger de nombreuses pistes de travail afin de : - découvrir le rôle des autres organismes qui peuplent notre microbiome : virus, champignons microscopiques, parasites… - clarifier les liens qui relient le microbiote et notre santé - approfondir notre connaissance des autres microbiotes (peau, appareil uro-génital, appareil respiratoire)Source
Zmora N, Soffer E, Elinav E. Transforming medicine with the microbiome. Sci Transl Med. 2019 Jan 30;11(477). http://stm.sciencemag.org/content/11/477/eaaw1815.shortUne étude menée par l'American Cancer Society souligne que les cancers liés à l'obésité explosent chez les moins de 50 ans. Une étude qui fait froid dans le dos mais qui illustre un phénomène de masse : si le nombre de personnes en surpoids ou obèses ne cesse d'augmenter, ce sont ces mêmes personnes qui sont le plus en proie à de nombreuses pathologies, comme le cancer.
Surpoids, obésité et... cancer
D'abord, 5 chiffres fournis par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) : - 1.9 milliards d'adultes étaient en surpoids en 2016 ; - Parmi eux, plus de 650 millions étaient obèses ; - 39 % des personnes âgées de plus de 18 ans étaient en surpoids en 2016 ; - Parmi ces derniers, 13 % sont en situation d'obésité ; - Le nombre de cas d'obésité a presque été multiplié par 3 depuis 1975.https://le-quotidien-du-patient.fr/article/demain/medecine/obesite/2018/10/16/surpoids-et-obesite-quelles-differences/
Parmi les conséquences liées au surpoids et à l'obésité, l'OMS cite bien sûr les maladies cardiovasculaires, le diabète, l'arthrose et certains cancers (de l’endomètre, du sein, des ovaires, de la prostate, du foie, de la vésicule biliaire, du rein et du côlon). Ce que l'étude de l'American Cancer Society corrobore. En effet, une équipe de cancérologues a étudié les données de 30 cancers distincts aux Etats-Unis, dont 12 liés au surpoids, sur une période de 20 ans (1995 à 2015). Pour ce faire, les cancérologues ont étudié les données de santé de près des deux tiers des Américains.
les cancers liés à l'obésité explosent chez les moins de 50 ans
Leurs conclusions laissent sans voix : sur les 12 cancers liés à l'obésité, 6 d'entre eux étaient en forte augmentation chez les millenials. Les personnes âgées de moins de 40 ans ont notamment deux fois plus de risques d'avoir un cancer colorectal, du pancréas, de l'endomètre ou de la vésicule biliaire que les baby-boomers au même âge. Les cancers du rein e et le myélome multiple étaient aussi plus élevés chez la nouvelle génération que chez les baby-boomers. Une hausse d'ailleurs plus significative chez les 25-29 ans que chez les 45-49 ans pour certains cas de cancers, comme celui du pancréas, dont l'incidence a augmenté chaque année de 4.3 % chez les 25-29 ans, contre moins de 1 % par année chez leurs aînés.Pourquoi une telle augmentation des cancers liés à l'obésité chez les millenials ?
L'Inserm rappelle que tissu adipeux des personnes en surpoids ou obèses comprend une anomalie majeure : "une inflammation liée à l'infiltration du tissu adipeux par des cellules du système immunitaire, les macrophages." L'organisme étant en proie à une inflammation constante, les défenses immunitaires sont sans cesse en activité. Et donc plus faibles face à d'autres complications, comme le cancer. Dans son entretien pour Atlantico, le Dr Réginald Allouche l'explique parfaitement : "l'immunité ne verra pas passer les cellules problématiques qui se développeront plus facilement."L'inflammation peut également être liée à un apport trop conséquent en graisses saturées ou en sucres. Les aliments trop riches en graisses saturées et en sucres, nous ne vous l'apprenons guère, sont inflammatoires et peuvent accentuer des inflammations déjà existantes.
Et demain ?
Les auteurs de l'étude sont inquiets pour les années à venir. Ahmedin Jemal, co-auteur de l'étude, est particulièrement pessimiste : "Au vu de la forte augmentation de la prévalence du surpoids et de l'obésité chez les jeunes et des risques accrus de cancers liés à l'obésité chez les générations les plus récentes, la situation pourrait empirer chez les nouvelles générations, et potentiellement freiner ou inverser les progrès accomplis concernant la réduction de la mortalité par cancer ces dernières décennies."https://le-quotidien-du-patient.fr/article/demain/medecine/cancers/2019/01/14/4-cancers-sur-10-pourraient-etre-evites/
Sources
- The Lancet, - OMS, - Inserm, - Atlantico, - Medisite.Vous est-il est déjà arrivé de rêver que vous étiez superman ou superwoman, et que vous pourriez sauver des vies entières ? Vous envoler pour aller défendre les causes perdues ? Eh bien, à défaut d’être l’un de ces héros, vous pourrez sauver des vies d’une autre façon : avec vos super-excréments !! Alors endossez votre plus beau costume marron, imprimez dessus les lettres « SCM » pour super caca-man, et volez au secours des personnes en souffrance !
Certaines personnes produisent de super-excréments
On vous l’a déjà signifié : la transplantation fécale est une thérapie prometteuse pour soigner des pathologies comme la rectocolite hémorragique. Pour rappel, cette technique consiste à extraire le microbiote contenu dans les excréments de sujets sains, et le transférer à des patients malades. Mais certains donneurs sains se montrent très généreux : ces super-donneurs fournissent en effet des excréments de très bonne qualité !https://le-quotidien-du-patient.fr/article/demain/medecine/maladies-chroniques/2019/02/08/rectocolite-hemorragique-et-greffe-fecale/
Les super-donneurs à la rescousse de patients atteints de diabète ou de syndrome de l'intestin irritable
Des études cliniques le montrent : chez les sujets sains donneurs d’excréments, tous les cacas ne se valent pas. Et certains sont bien plus prometteurs que d’autres. Ces super-donneurs ont des selles aux qualités exceptionnelles : elles ont en effet de fortes chances d’influer sur le système digestif du patient, et une nette amélioration est observée : « les greffes de super donneurs atteignent un taux de rémission clinique pouvant atteindre le double de la moyenne restante » explique Justin O’Sullivan, auteur de l’étude montrant cet effet de super-donneurs. Ceci est une bonne nouvelle : si la transplantation fécale était utile pour la rectocolite hémorragique ou les MICI (maladies inflammatoires chroniques de l’intestin), elle ne montrait que peu d’effets sur d’autres pathologies comme le syndrome de l'intestin irritable, la maladie d’Alzheimer, les maladies auto-immunes ou le diabète de type 2. La qualité des excréments de ces super-donneurs pourrait donc ouvrir de nouvelles perspectives de guérison pour ces pathologies.La qualité des excréments des super donneurs
Si des travaux supplémentaires seront nécessaires, la qualité des excréments des super-donneurs montre : - Une diversité du microbiote fécal très importante, - Une concentration plus importante en certaines bactéries, notamment de « bonnes » bactéries ou des espèces « clé ». Ces espèces « clé » pourraient être des bactéries productrices de butyrate, impliqué dans le système immunitaire, avec des propriétés anti-inflammatoires.Dans la transplantation fécale, le microbiote fécal a une visée thérapeutique. Alors tenez-vous bien : notre microbiote fécal pourrait être considéré comme un médicament. Il est donc soumis au code de la santé publique : « A ce stade précoce de développement de ce produit et en l’absence d’autorisation de mise sur le marché, celui-ci peut être utilisé dans le cadre législatif et réglementaire applicable aux préparations magistrales et hospitalières (article L. 5121-1 du Code de la Santé publique), ou aux médicaments expérimentaux destinés à un essai clinique (article L. 5121-1-1 du même code) ».
Si vous voulez être donneur, sachez qu’un questionnaire minutieux vous sera demandé afin d’écarter tout risque de contamination par des agents pathogènes. Ce questionnaire prend en compte si le donneur a été malade, prend des médicaments, a eu de la fièvre, a des troubles digestifs, les voyages effectués, l’âge, le statut pondéral, etc… Une fois cette pré-sélection faire, on étudiera l’aspect macroscopique des selles données et une analyse sera effectuée pour vérifier l’absence d’agents infectieux. Donc soignez votre alimentation, car cela améliorera sans aucun doute votre microbiote fécal. Et qui sait, vous serez peut-être un super-donneur prêt à voler au secours des autres.
https://le-quotidien-du-patient.fr/article/demain/medecine/2018/12/21/le-microbiote-fecal/
Sources
- Justin M. O'Sullivan et al., "The Super-Donor Phenomenon in Fecal Microbiota Transplantation.", Front. Cell. Infect. Microbiol., janvier 2019, - ANSM. - Maxisciences, - Sciencepost.Page 43 sur 214
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